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鲁南制药集团坚持“以改革为动力，以市场为中心，以科技为先导”的经营指导方针，立足高端、自主创新，不断推进重大项目产业化，大力实施科技创新战略，以国家认定企业技术中心、博士后科研工作站为主体，搭建了国家手性制药工程技术研究中心、哺乳动物细胞高效表达国家工程实验室、中药制药共性技术国家重点实验室、泰山学者岗位、院士工作站等研发平台，形成了一个以博士、硕士为骨干的创新研发团队。
科学技术是第一生产力，自主创新是第一竞争力，鲁南制药集团在建立自己的科研队伍的同时，还与华东理工大学联合组建了“鲁华生物技术研究所”，与山东大学组建了“山大-鲁南天然药物研究院”、“超临界流体技术研究所”，与上海医药工业研究院联合组建了“鲁南制药—上海医工院联合实验室”，与济南大学联合组建了“济南大学—鲁南制药创新剂型研究中心”，先后与意大利、罗马尼亚、美国、加拿大等多个国际知名院所以及等80余所国内知名院所建立了长期合作关系。
近年来公司先后承担研究课题400多项，其中国家科技支撑计划、国家863计划、国家973计划、国家重大新药创制专项、国家火炬计划、国家重点新产品计划等项目50多项，120项科技成果通过专家鉴定，45项达到国际先进水平，61项达到国内领先水平，科学技术奖131项，其中国家技术发明奖1项、国家科技进步二等奖7项、山东省科学技术奖22项。已申报国内、国外专利申请3300件、授权1600件。以专利实力87.04位列中国企业专利500强榜单第43位。著作权登记6873件，已获证书5069件；软件著作权登记29件，已获证29件。申请商标3169件，确权商标持有量2650件、马德里商标1件；有效专利数量位居国内医药企业第1位，山东省制造业民营企业第2位，全国榜单第32位，被确定为“国家专利运营试点企业”“国家知识产权示范企业”。
